Appleは昨日リリースされたSafariの最新版「Safari 8.0.1」の配信を一時的に(?)停止しているようです。Apple Support Communitiesには、「Safari 8.0.1にアップデートしたら、Safari.appが消えてしまった」という情報も寄せられているので、この不具合が原因なのかもしれません。
消えてしまった場合以下のダイレクトリンクからインストーラーをダウンロードして手動でインストールすることもできるようです(MacRumors Forumより)。
とはいえダイレクトダウンロード版にも不具合が含まれていないともいえないので、Appleが再公開するまでしばらく待ったほうが安全な気がします。ChromeやFirefoxなど他のブラウザを使ってしばらく凌ぐことをおすめします(現在バージョン8.0の人はそのままで).