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クリアするまで脱出不可能のデスバトルMMO『ソードアート・オンライン』に接続した主人公・キリト。最上階層を目指す≪攻略組≫の彼以外にも、様々な職業や考え方を持つプレイヤーがそこには存在していた。彼らはログアウト不可能という苛烈な状況下でも、生き生きと暮らし、喜び笑い、そして時には泣いて、ただ≪ゲーム≫を楽しんでいた。≪ビーストテイマー≫のシリカ、≪鍛冶屋≫の女店主・リズベット、謎の幼女・ユイ、そして黒い剣士が忘れることの出来ない少女・サチ──。

禁断のデスバトルMMO『ソードアート・オンライン』から現実世界に戻ってきたキリト。彼は攻略パートナーであり、想い人でもあるアスナのもとに向かう。しかし、結城明日奈は、あの悪夢のゲームからまだ帰還していなかった。困惑と絶望に包まれるキリト。唯一の手がかりは、鳥籠の中に佇む≪妖精姿≫のアスナという謎の画像データのみ。どうやら彼女は、高スペックVRMMO≪アルヴヘイム・オンライン≫に囚われているらしい。

キリトとシノンが巻き込まれた《死銃（デス・ガン）》事件から数週間。妖精アバターによる次世代飛行系VRMMO《アルヴヘイム・オンライン》にて、奇妙な騒動が起こる。新マップ《浮遊城アインクラッド》、その第24層主街区北部に現われる謎のアバターは、自身の持つ《オリジナル・ソードスキル》を賭け、1体1の対戦（デュエル）で、すべてを蹴散らし続けているという。《黒の剣士》キリトすらも打ち負かした、《絶剣》と呼ばれるその剣豪アバターにアスナも決闘を挑むのだが、結果、紙一重の差で敗北してしまう。

『圏内事件』 ──《SAO》中階層で、一人のプレイヤーが殺された。その殺害現場はHPが減るはずのない《安全圏内》だった。これはプレイヤー・キルだと仮定するも、その殺害方法に全く見当がつかず……。奇怪な事件を、キリトとアスナが追う。『キャリバー』 ──《ALO》伝説の聖剣《エクスキャリバー》。その獲得クエストがついに始まった。守護するモンスターたちの強さから一度は獲得を諦めていたキリトだったが、これを機に再び争奪戦に本格参戦する。

「このゲームはクリア不可能なのよ。どこでどんなふうに死のうと、早いか……遅いかだけの、違い……」 茅場晶彦によるデスゲームが開始されて一ヶ月。この超難度のVRMMO内で犠牲になったプレイヤーは二千人にも及んだ。≪第一層フロアボス攻略会議≫当日。自身の強化のみを行うと決めて、≪ソロ≫として戦うキリトは、会議場に向かう中途で、最前線では珍しい女性プレイヤーと出会う。