待望のMavericks対応版MacPortsである「MacPorts 2.2.1」がリリースされました。
Mavericksユーザーのための移行ガイドはMigrationのOS X 10.9 Mavericksに書かれています。
For minimum support of MacPorts, you need the Command Line Tools, which can be installed using xcode-select --install. If you are installing MacPorts from source, you will also want to run sudo xcodebuild -license. Note that some ports will require a full Xcode installation, which is available for free on the Mac App Store.
最低限xcode-select --installを使ってコマンドラインツールをインストールすることが必要で、ソースからMacPortsをインストールしている場合、sudo xcodebuild -licenseも実行(ライセンス確認)。Xcodeのフルインストールインストールが必要になるPortsもある(Mac App Storeから無料ダウンロード可能)。といったところでしょうか。
日本語で読める情報としては以下のリンクが参考になると思います。
問題なく動いている場合、しばらく触らず時がくるのを待つのも良いかもしれません。