ValveがSteamで、Nintendo SwitchのJoy-Conコントローラーをサポートするための作業を進めていることがわかりました(The Verge)。
8月にリリースされた最新のSteamベータ版では、Joy-Conがサポートされていて、単体/ペアのどちらでも使用可能となっています。
Added support for Nintendo Joy-Con controllers, both individually as a mini-gamepad and combined into pairs
ニンテンドーJoy-Conコントローラに対応。ミニゲームパッド単体、ペアの使用可能。
Steamのベータ版を使用してみたい場合、ベータ版を使用する方法を説明した公式ドキュメントが参考となります。
Valveは、Switch Online加入者向けに販売している任天堂のクラシックコントローラのサポートも強化しており、最近Switch専用のNES、SNES、N64、Sega GenesisコントローラがSteam正式版で使用できるようになりました。