再インストール後のMacの環境を、普段使っている環境にできるだけ素早く戻すためのドキュメント「Mac Hacks」が公開されています。
作者は年に2回、1月1日と6月1日にMacをクリーンに保つためにOSを再インストールしており、この作業をできるだけ素早く終わらせる作られたドキュメントだと説明されています。コマンドラインを駆使してできるだけ自動化できるように考えられているので、普段からコマンドラインを使い慣れている方にとっては参考になると思います。
例えば、App Storeの設定(ソフトウェアアップデートの制御)や、OS Xの設定、Finderの設定、セキュリティ設定、Notification Centerの設定をコマンドラインから行う方法が説明されています。
アプリケーションもHomeBrewとBrew Cask(GUIアプリ用)を駆使してできるだけ自動的にインストールできるよう試みているようです。
defaultsコマンドやHomebrewは有名ですが、コマンドラインからApp Storeの設定を変更できるのは知りませんでした。隅々までチェックしてみると新たな発見があるかもしれません。